1942年4月至11月期间，送入纳粹德国境内劳动的捷克工人就將近79,000名，而8小时的日間工时也從1942年2月起延长至12小时[86]。 1931年8月1日海德里希正式上任情报部门首長[29]，其办公室位于慕尼黑纳粹党总部所在地褐宫。 至10月海德里希已建立起间谍情报网，主职收集情报和获取其他訊息以用于勒索，由此达成政治目的[36]。 索引卡片上記錄了数千人的相关信息，并儲藏于褐宫[37]。 作为海德里希12月婚礼的贺礼，希姆莱将其提升为党卫队突击队大队长（SS-Sturmbannführer）[38]。 在莱德去世以后，她的讣告透露，她的伴侣是圣迭戈州立大学心理学女教授Tam E.
1932年年中希姆莱任命海德里希为新更名的安全部门：保安局（Sicherheitsdienst；SD）局長[29]。 海德里希的反情报部门逐渐发展成为制造恐怖和威胁的机构，希特勒希望在德国获取绝对权力，由此希姆莱和海因里希也希望在德国全部17个州控制政治警察以达成此目的。 1933年海德里希召集保安局局员冲击慕尼黑警察总部，通过武力威胁夺取了警局权力。 希姆莱成为慕尼黑警长，海德里希成为第4部门（政治警察）部长[42]。 1922年海德里希加入魏玛共和国海军，希望享受海军提供的安全保障和福利。 1924年4月1日，他升为高级候补军官（Oberfähnrich zur See），并前往米尔维克海军学院（英语：Naval Academy Mürwik）接受培训[21]。
根据海德里希的估计，逮捕人數至1942年2月已達4,000－5,000人。 未处决者则送往毛特豪森－古森集中营，只有4%的捷克囚犯倖存到战后[81]。 1942年3月对于捷克文化和爱国组织、军事成员和文化人士的清洗几乎使捷克抵抗运动彻底瘫痪。 这一举措亦对社会活动造成了重創，任何反对德国统治的活动都受到公开且广泛的报复和镇压[81]，这一段时间内海德里希的手段使其获得了「布拉格屠夫」的外号[82]。 1942年5月27日一支由英国特别行动执行处培训、捷克斯洛伐克流亡政府组织的捷克和斯洛伐克军人小队在布拉格对海德里希发动了刺杀行动（代号猿人作战），一周后海德里希伤重不治身亡。 德国情报部门誤認刺客同利迪策及莱扎基（英语：Ležáky）两个村落有关联，并展开报复行动，徹底摧毀了利迪策村，當地16岁以上男性均遭射殺，几乎所有女性及儿童均由當局送往纳粹集中营并進一步殺害。
此后他在圣约瑟夫学院工作到1856年，然后出任马里兰州弗雷德里克圣若望福音天主教堂牧师[48]。 他每日坚持锻炼，对外表一丝不苟，并要求下屬效法[143]。 他没有多少亲密的朋友，并极度多疑，不信任多数的党卫队高官。 希姆莱是一个例外；海德里希对其近乎盲目服从，认为其是一名”真正的党卫队成员”。 希姆莱同时也信任海德里希，部分原因是海德里希並沒有甚麼野心，他本人对于「取代希姆莱」没有太大的兴趣（海德里希也多次向希姆莱强调这一点）[144]。 納粹德國强徵并剝削了捷克勞動力[84]，將大約100,000名工人由”不适宜”工作岗位中转移，由劳工部征用。 1941年12月捷克人可徵召至納粹德國任何地区工作。
海德里希主导了这一计划，并事先造访了这一地点（距离波兰边境线约四英里），150名身着波兰军装的德国士兵在国境线附近进行了一系列攻击行动，希特勒以此为借口发动了入侵[96][97]。 1939年9月27日保安局和治安警察归入新建的国家安全部，由海德里希领衔[68]。 10月1日，海德里希正式獲得”治安警察和保安局局长”（Chef der Sicherheitspolizei und des brand new porn site sex SD；CSSD）头衔[69]。 1940年8月24日海德里希担任国际刑警委员会主席[70]，该组织总部也迁移至柏林。 1941年9月24日海德里希升任”党卫队上级集团领袖兼警察上將”（SS-Obergruppenführer und General der Polizei）[33]。
海德里希参与组织了水晶之夜，在1938年11月9日至10日对德国国内的犹太人进行了大规模的迫害。 是夜海德里希向各保卫局和盖世太保办公室发去电报，帮助协调党卫队、保卫局、盖世太保、秩序警察、冲锋队、纳粹党官员以及消防部进行反犹太活动。 电报内容包括允许纵火和摧毁犹太商户及会堂，并没收所有犹太社区中心和汇通中的”档案材料”。 电报还下令”在所有区域，在拘留所允许的情况下逮捕尽量多的犹太人，尤其是富裕的犹太人…在逮捕进行之后，立刻通知集中营，并尽快安排将犹太人送往是处[92][93]」。 近20,000名犹太人在此后数日内立刻遣送集中营[94]，史学家认为水晶之夜是大屠杀的开端[95]。 海德里希入主布拉格以执行政策、打击反纳粹抵抗运动、以及保证”对德国進行战事极为重要”的捷克製馬達和槍械達到定額[78]。 他认为这一区域是德国的重要壁垒，称捷克抵抗运动为”背后插刀”。 为达成其目标，海德里希要求將无法完成日耳曼化者进行种族归类，宣称”将这群捷克垃圾变成日耳曼人必须通过种族思想来执行”[80]。 他上任初始便在民众中营造恐怖氛围：在抵达布拉格3日内的處決人數即達92人，並將这些人的姓名公告于全区域的海报上[81]，也几乎查禁了所有能讓捷克人宣传、表达捷克文化的途径[80]。